感染病原菌不斷變遷上世紀60年代以前，外科感染病原菌以金黃色葡萄球菌和化膿性鏈球菌為主； 70年代以后，革蘭陽性（G+）球菌的優勢地位逐漸被革蘭陰性（G-）桿菌所代替，主要是以大腸桿菌為代表的腸道桿菌科細菌； 到了90年代，國內、外都注意到G+球菌引起的感染又有增多趨勢，其中凝固酶陰性葡萄球菌和腸球菌的增多尤為突出。在G-需氧桿菌中，腸桿菌屬（陰溝桿菌、產氣桿菌）、綠膿桿菌、不動桿菌、枸櫞酸桿菌等越來越常見，過去鮮為人知的嗜麥芽窄食單胞菌在重癥感染患者中也屢見不鮮。隨著厭氧菌培養技術的普及，厭氧菌感染和有厭氧菌參與的混合細菌感染以及外科危重患者深部真菌感染，越來越多地引起人們的關注。目前在我國，最常見的外科感染病原菌是金黃色葡萄球菌、大腸桿菌和綠膿桿菌，三者共占病原菌的50%以上。其他比較常見的細菌是腸桿菌屬、凝固酶陰性葡萄球菌、腸球菌、不動桿菌和克雷伯菌屬。G-桿菌仍占優勢，約占60%～65%,G+球菌約占30%～35%。另外還有少量真菌。
每位外科醫師均會遭遇到外科感染，這是手術技術自身所決定了的，外科手術必然破壞人體宿主抵抗力的第一道防線皮膚和粘膜屏障，使得細菌得以進入體內。從外科發展歷史看，因外科感染而死亡是很常見的，特別是在19世紀末葉以前，當時截肢術死亡率在25%~90%之間，美國內戰時期則為50%左右，這主要是外源性感染所致。但從現代外科學觀點看，外科感染的內涵已發生了許多重要變化，如醫院內獲得性感染超過了患者原有的感染； 體內的內源性正常菌群感染多于外源性致病細菌感染； 外科手術后的手術部位感染（surgical site infection，SSI）多于需要外科處理的一般化膿性感染。其中SSI已成為值得關注的臨床課題。