近年來，由于免疫抑制劑的廣泛使用，腫瘤、器官移植患者的增多，侵襲性真菌病，特別是肺真菌病的發病率逐年升高。除臨床表現、病史、影像學資料外，肺真菌病的診斷主要依賴實驗室病原學檢測。但真菌培養耗時長、靈敏度低，需要更多的檢測手段。近年來宏基因組二代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）的出現極大提高了肺部真菌感染的診斷率。相比之下，mNGS 能直接從各種臨床標本中快速、準確、全面識別真菌，尤其在鑒定非典型真菌的類群方面明顯優于傳統檢測方法，但在樣本留取、報告解讀及與傳統檢測方法相結合等方面也存在一些問題。值得肯定的是，隨著以上問題不斷深入探討和解決，mNGS 必將為肺部真菌感染的病原學診斷提供更有價值的信息。