目的探討新生兒科下呼吸道感染病原菌分布及耐藥情況，為臨床合理用藥提供依據。 方法對2009年1月1日－2012年12月31日入住新生兒科且下呼吸道感染患兒送檢的5 486份分泌物標本中分離出的998株病原菌種類及其藥物敏感性（藥敏）試驗結果進行整理并加以分析。 結果998例培養陽性的下呼吸道分泌物標本中，分離出的主要病原菌分別為肺炎克雷伯菌231株（23.1%），大腸埃希菌212株（21.2%），金黃色葡萄球菌194株（19.4%），陰溝腸桿菌84株（8.4%）。肺炎克雷伯菌、大腸埃希菌和陰溝腸桿菌對青霉素類抗生素普遍耐藥，但與酶抑制劑聯用可以降低其耐藥率，肺炎克雷伯菌對第3代頭孢菌素類抗生素的耐藥率較高，達78.4%；大腸埃希菌和陰溝腸桿菌對第3代頭孢菌素類抗生素的耐藥率低于肺炎克雷伯菌（分別為46.7%和46.5%）；有7株（3.0%）肺炎克雷伯菌和1株（1.2%）陰溝腸桿菌對亞胺培南耐藥，23株（13.6%）肺炎克雷伯菌、1株（0.7%）大腸埃希菌和1株（2.5%）陰溝腸桿菌對厄他培南耐藥。97.0%的金黃色葡萄球菌對青霉素耐藥，但金黃色葡萄球菌對苯唑西林耐藥率較低（11.0%），未檢出耐萬古霉素的金黃色葡萄球菌。 結論新生兒科住院患兒下呼吸道感染的病原菌以G-桿菌為主，以肺炎克雷伯菌、大腸埃希菌和金黃色葡萄球菌為主要病原菌。主要病原菌對常用抗生素耐藥率均較高。臨床應根據其藥敏試驗結果合理選擇抗生素，避免抗生素濫用導致多重耐藥菌株的產生。