目的基于孟德爾隨機化探索腸道菌群的差異與膽石癥發生是否具有因果關系。方法基于MiBioGen的腸道菌群全基因組關聯研究（genome-wide association studies，GWAS）數據和芬蘭數據庫（the FinnGen Biobank）的膽石癥GWAS數據，根據閾值篩選與腸道菌群相對豐度顯著相關的遺傳變異作為工具變量（instrumental variables，IVs）。主要以逆方差加權法（inverse variance weighted，IVW）進行分析，根據效應指標優勢比（odds ratio，OR）及其95%置信區間（confidence interval，CI）評估結果。通過質量控制，包括敏感性分析、異質性檢驗、水平基因多效性檢驗確保結果的穩定性與可靠性。結果梭狀芽胞桿菌屬 ［Clostridiumsensustricto1，OR=1.160，95%CI（1.023，1.314），P=0.020］、糞球菌屬 ［Coprococcus3，OR=1.136，95%CI（1.014，1.272），P=0.028］、消化球菌屬 ［Peptococcus，OR=1.074，95%CI（1.023，1.128），P=0.004］ 豐度升高增加膽石癥的發生風險。芽孢桿菌綱 ［Bacilli，OR=0.897，95%CI（0.818，0.984），P=0.022］、FamilyXIIIAD3011group菌屬 ［OR=0.908，95%CI（0.830，0.992），P=0.033］、乳桿菌目 ［Lactobacillales，OR=0.884，95%CI（0.802，0.974），P=0.013］豐度升高降低膽石癥的發生風險。結論本研究發現共有6種腸道菌群與膽石癥的發生具有因果關系，為膽石癥的診療方案提供了新的思路。