迷走神經刺激最早用于治療難治性癲癇和抑郁癥，近年來其適應證不斷擴大。腦-腸軸是連接于腸道與大腦的雙向通訊網絡通路，維持著腸道微生物的穩態平衡并塑造大腦功能。迷走神經在神經系統疾病的腦-腸軸機制中扮演著重要的角色，這可能是迷走神經刺激治療相關疾病的重要依據。最近的研究表明迷走神經刺激能調節腸道微環境及腸道菌群，但是這種改變的具體機制還需要進一步研究。糞菌移植或口服益生菌聯合迷走神經刺激在未來可能成為重要的治療手段，尤其是提高迷走神經刺激對癲癇的療效；腸道菌群也可能成為迷走神經刺激治療癲癇療效的預測靶點。