目的通過宏基因組二代測序（mNGS）分析單純肺炎和慢性阻塞性肺疾病（簡稱慢阻肺）合并下呼吸道感染支氣管肺泡灌洗液（BALF）中微生物菌群差異。方法納入新疆醫科大學第一附屬醫院2021年12月—2023年3月間住院的肺炎患者，根據是否合并慢阻肺分為單純肺炎組和慢阻肺合并下呼吸道感染組，應用 mNGS 技術檢測BALF微生物，分析兩組的菌群分布特征。 結果 共納入97例患者，其中80例患者（81.82%）微生物檢測結果為陽性。慢阻肺合并下呼吸道感染組的吸煙指數顯著高于單純肺炎組（t=–3.62，P=0.001）。兩組菌群分布存在差異，在屬水平檢測上，在單純肺炎組檢出19種微生物，其中細菌8種（42.11%）、真菌2種（10.53%）、病毒3種（15.79%）、其他類型微生物6種（31.58%）；而慢阻肺合并下呼吸道感染組檢測出22種微生物，細菌10種（47.62%）、真菌3種（14.29%）、病毒4種（19.05%）、其他類型微生物4種（19.05%）。兩組RPM值也存在差異，細菌RPM值在非重癥肺炎時，慢阻肺合并下呼吸道感染組細菌RPM值在屬水平顯著高于與單純肺炎組（Z=?2.706，P=0.007）。單純肺炎患者為重癥感染時，RPM值在屬和種水平均顯著高于與非重癥感染（Z=?2.202，P=0.028; Z=?2.141，P=0.032）。慢阻肺合并重癥肺炎時，細菌RPM值只有在種水平顯著高于非重癥肺炎（Z=?2.367，P=0.017）。結論慢阻肺合并下呼吸道感染患者和單純肺炎患者BALF菌群在屬和種分布特征不同，細菌為最主要的微生物類型，但兩組優勢細菌類型不同。單純肺炎以細菌、病毒和其他類型微生感染為主，而慢阻肺合并下呼吸道感染以真菌和細菌感染為主。RPM值可能成為提示肺炎嚴重程度的指標之一。